A település első írásos említése egy 1234-es adományozási oklevélben találták meg. A Henyevölgyeként említett területet 1403-ban Zsigmond király adományozta a Pető-családnak.
Így a két részből álló Henye egyik fele megkapta a Pethőhenye nevet. A másik rész az Ördög-család birtokaként Ördöghenye lett a 1430-as évektől. Az Ördög-család birtokát a törökök felégették. Még 1666-ban is pusztaként említik ezt a területet. Az itt élő lakosság legfontosabb foglalatossága a szőlőtermesztés volt.

Az 1800-as években közepén már 29 ház állt itt, és 239 lakosa volt a falunak. Közigazgatási szempontból a zalaegerszegi járáshoz és a zalaszentiváni közjegyzőséghez tartozott.

Az 1900-as évek elején 430 fő lakott a településen. Az alapvetően földművelésből és bortermelésből élő település szempontjából jelentős mozzanat volt a hegykösség megalakulása 1939 szeptemberében.

1943-ban Pethőhenye és Ördöghenye egyesítéséből létrejött Pethőhenye, melynek területe így összesen 2048 kat. hold lett.

Szent István tiszteltére 1777-ben fakápolnát emeltek a szőlőhegyen. 220 évvel később, 2001-ben készült el a falu központjában a Szent István-templom. Ez utóbbit Makovecz Imre tervezte, aki a község díszpolgára. A templom nagy közösségi összefogással, a megépítésére létrehozott alapítvány segítségéval épült fel. Meghatározó épülete nemcsak a közösségnek, hanem a környező településeknek is. Este a kivilágított templom ide vonzza az erre utazók tekintetét.

A község külterületén az országban egyedülálló, védett növényfajokat is magába foglaló sárgalenes fenyőerdő-társulás található néhány foltban. Az észak-zalai régióban ez az egyetlen terület, ahol mészkedvelő növények élnek.

Az 1945 utáni rohamos népességcsökkenés csak az 1990-es évek elején állt meg. Egyre többen-különösen napjainkban- választják lakóhelyül a megyeszékhelyhez közel lévő, csendes, szép fekvésű községet. A régi házakat sorra újítják fel, és épülnek az újjak. A városi lakosság számára ez a környék legkeresettebb települése. A vonzerőt a természet adta szépségen az is növeli, hogy a község minden közművel ellátott.

A 2006-ban elfogadott településrendezési tervben 150-nél több építési telek került kialakításra.